La historia del Aikido va ligada a una de las escuelas de Jujutsu más antiguas del Japón, nos referimos al Daito Ryu Aiki Ju-jutsu.
Para encontrar los orígenes de este antiguo Arte Marcial tenemos que remontarnos al periodo Heian (794-1192), época en que la sociedad japonesa sufre una fuerte jerarquización militar y los clanes dirigidos por los daimyos (señores feudales), luchaban entre sí por la primacía en el poder.
Es a finales de esta época cuando se instaura el primer Shogunato y se implanta un sistema de gobierno paralelo al del Emperador que duraría hasta el final del periodo Tokugawa en 1867.
El Shogun ejerció una verdadera dictadura militar, repartiendo los diferentes territorios entre los daimyos de los clanes aliados y relegando al emperador a ser una mera figura decorativa. Es también en esta época cuando las artes de la guerra cobran una mayor importancia en un país en el que las confrontaciones entre clanes rivales eran frecuentes.