Los orígenes del Daito Ryu van unidos a la descendencia del emperador Seiwa Teno (850-880). Es durante el mandato de éste donde las antiguas técnicas de lucha que desembocaron en la creación del Sumo se derivan hacia una vertiente más marcial y son transmitidas de generación en generación dentro de la familia Seiwa.
Varias generaciones después, un descendiente del Emperador Seiwa, Shinra Saburo Yoshimitsu Minamoto (1040-1127), militar del clan Minamoto y depositario de las antiguas técnicas marciales de la familia, dio un fuerte impulso al ya incipiente Daito Ryu, mezclando las técnicas secretas del clan Minamoto con sus propios descubrimientos. Yoshimitsu fue un gran militar, hombre culto, excelente luchador y magnífico arquero, fue profesor de So-Jutsu (lanza), To-ho (sable) y Tai-Jitsu (técnicas corporales de defensa).
Durante la Guerra de los Tres Años (1083), diseccionó cadáveres para estudiar el mecanismo de músculos y articulaciones. Esto le permitió crear técnicas más efectivas. Creó el concepto de Gyakute y Ichigeki Hissatsi (técnicas para matar de un solo golpe). Yoshimitsu Minamoto es considerado el padre de las técnicas originales del Daito Ryu y creador de los principios del Aiki.