Con el paso del tiempo, el clan Minamoto fue perdiendo su protagonismo y el hijo de Yoshimitsu Minamoto, Yoshikiyu (998-1163), se trasladó a la aldea de Takeda en la provincia de Kai, uniendo este nombre al suyo y pasando los conocimientos marciales de la familia Minamoto a las siguientes generaciones de la familia Takeda. Así, los fundamentos de lo que sería conocido como Takeda Ryu Aiki Budo se asentaron durante varias generaciones.
El shogunato de Ashikaga Takauji inaguró el periodo Muromachi (1333-1582) durante el cual, el declive del poder shogunal fue incrementado por las guerras entre los daimyos. Esto produjo el derrocamiento de los Ashikaga y propició la unificación del Japón a cargo del general Oda Nobunaga en favor de Toyotomi Hideyoshi.
En 1521 nace Shingen Takeda, famoso general, recordado por sus importantes victorias, que se enfrentó a Oda Nobunaga y fue derrotado por este en 1573. Esto marcó el declive de la familia Takeda y la pérdida de su predominancia militar. Los miembros supervivientes de la familia, se dispersaron, entre ellos el hermano de Shigen, Kunitsugo (1551-1592), que se trasladó a Aizu en 1574. Kunitsugo enseñó las técnicas de la familia Takeda a la nobleza de Aizu y a las personas prominentes de la corte. Entonces las técnicas de combate del clan Minamoto, que habían pasado a la familia Takeda, y que eran conocidas hasta ese momento como Osiki-Uchi, se mezclaron con las técnicas del clan Aizu, dando origen a lo que ahora se conoce como Daito Ryu. Durante un largo periodo el Daito Ryu se configura como el método oficial de combate en el clan Aizu y su práctica secreta y restringida a los miembros cercanos al Shogun, continua hasta la caída del shogunato.
Durante el siglo XVI y XVII las artes de combate de la familia Takeda sufrieron algunas innovaciones, fruto de las aportaciones que realizó Tadayosi Goto, samurai del clan Takeda que profundizó y perfeccionó las técnicas de Ken-Jutsu de la escuela Mizuno Shinto-Ryu, So-Jutsu (lanza), To-Jutsu (esgrima) y otras más que agregó al arte de los Takeda.
A mediados del siglo XVII llegó al Japón un monje shaolin conocido como Sanwo (Chang Wo Ting), el cual aportó sus conocimientos de Shaolin-Tzu-Kempo y Chi-Na al método de combate de los Takeda. El resultado de estas aportaciones fue la aparición de varias escuelas de Aiki-Jutsu (Yanigi-Ryu de Kenji Yoshida, Kamishin-Ryu de Kanda, Kaze-Arashi-Ryu de Akemi Nishiyama).
Soemon Takeda (1758-1853) enseñó un sistema conocido como Aiki-In-Yo-Ho (Aiki del ying y el yang) y fue el primero en utilizar el término Aiki. Soemon Takeda no quiso que su hijo Sokichi, luchador de Sumo, heredase el legado del Daito Ryu, y transmitió sus conocimientos a su nieto Sokaku.
Las circunstancias históricas en las que se desenvolvió el Japón del siglo XIX volverían a marcar la evolución del Daito Ryu. En 1854 los países occidentales, encabezados por Estados Unidos firman acuerdos con el Shogun para promover la apertura comercial de Japón hacia el mundo exterior. Esto desencadena una serie enfrentamientos entre los partidarios del aislamiento y de la apertura que finaliza con la caída del Shogun Yoshinobu Tokugawa y la devolución del poder al Emperador Mutsu Ito, comenzando un nuevo período en 1868 (Meiji), que marcaría el comienzo de la modernización del Japón.
Los territorios del norte del Japón fueron los últimos en ser sometidos. El clan de Aizu que se había opuesto al nuevo gobierno imperial, perdió la guerra de Boshin contra éste. El castillo de Aizu cayó en poder de las tropas imperiales y el clan Aizu se rindió el 22 de noviembre de 1868, siendo su jefe, Matsudaira Katamori, detenido y llevado a Kyoto.